公告称，中央部门高度重视预算执行审计发现问题的整改工作，及时采取措施，落实整改责任。有45个部门的主要负责人和分管领导对整改工作提出专门要求，有44个部门专门召开党组会、部长办公会等会议研究部署整改工作。
公告指出，截至2012年10月底，本次审计查出的50个中央部门及其所属单位违反财经制度问题金额102.81亿元，已整改76.21亿元，其中上缴中央财政6.86亿元，归还原资金渠道5.35亿元，通过加强管理、调整账目和决算报表等整改64亿元。其余问题因涉及资产清理、账目清查、资金筹措、竣工决算、上报审批等，相关部门正在加快工作进度，争取尽快整改到位。在纠正问题的同时，有36个部门及部分所属单位制定和修订273项内部规章制度，涉及财务预算、政府采购、资金资产和内部监督等方面。
具体整改情况如下：
(一)关于预算执行未完全到位的问题。对通过虚列支出、以拨作支等方式使35.63亿元预算资金在下级单位或项目承担单位沉淀的问题，已通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改完毕。
(二)关于预算和财务管理不够严格的问题。对多申领财政资金2191.91万元的问题，已通过收回资金、调整账目和决算报表等方式整改完毕。对违规转移套取资金1.57亿元的问题，已通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改1.5亿元。对自行设立项目违规收费2.07亿元的问题，已通过上报审批、取消收费项目、停止违规收费等方式整改1.79亿元。对7.7亿元非税收入未按“收支两条线”规定及时上缴的问题，已通过归还原资金渠道、严格收费管理等方式整改7.29亿元。对政府采购、资产管理和账务处理等不规范涉及金额43.94亿元的问题，已通过严格规范政府采购和资产管理程序、调整账目等方式整改19.55亿元。其余问题正在整改中。
(三)关于一些预算管理制度和规定不够明确完善的问题。对直接在项目支出中列支基本支出3.93亿元的问题，已通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道等方式整改3.78亿元。对在预算科目、支出项目间调剂使用预算资金7.75亿元的问题，已通过调整账目和决算报表、归还原资金渠道、加强预算支出管理等方式整改6.45亿元。其余问题正在整改中。
此外，对部门决算草案编报不够准确等14.19亿元的问题，相关部门已调整账目和报表13.51亿元，其余问题正在整改中。
